В XVI веке в низовьях Днепра за порогами сложилась общественно-политическая и военная организация украинского казачества - Запорожская сечь. Возникла она в связи с распространением и усилением военно-феодального гнета литовских, польских и украинских феодалов в среднем Поднепровье и Восточной Подолии.
Казачьи промыслы: рыболовство, солеварение, скотоводство появились за порогами еще в начале XVI века. Постоянные нападения крымских татар и польско-литовской шляхты вынудили запорожцев объединиться, создавать укрепления - городки, засеки (сечи) и с оружием в руках защищать свою свободу. В 30-х годах XVI века они объединились и построили на острове Томановка (в районе современного города Марганец Днепропетровской области) свое главное укрепление, где разместился центральный орган управления - кош. Это место получило название Запорожская Сечь. В последующем кош неоднократно перемещался, обычно располагаясь на одном из островов на Днепре.
Верховным органом Запорожской Сечи до 1654 года была сечевая рада, избиравшая войсковую старшину во главе с кошевым атаманом. Войско делилось на курени, которые возглавлялись куренными атаманами. Военные и административные органы Сечи выбирались при всеобщем участии, но фактически находились в руках казацкой старшины (зажиточных казаков), которой противостояла голота (неимущие). Сформировавшаяся в условиях борьбы против польско-литовских феодалов, с одной стороны, и турецко-татарской агрессии - с другой, Запорожская Сечь героически отстаивала свою независимость. Запорожцы принимали активное участие в крестьянско-казацких восстаниях, вели против турок и татар не только оборонительные, но и наступательные действия: совершали крупные походы на Очаков, Гезлев (Евпатория), Перекоп, Кафу (Феодосия), Азов, Килию, Измаил, Синоп, Стамбул.
Войско Запорожской Сечи принимало участие в русско-турецких войнах, выставляя до 30 тысяч человек. Казаки имели богатый военный опыт, мастерски владели оружием: ружьями, мушкетами, пистолетами, саблями, кинжалами, луком; умели хорошо обороняться, опираясь на укрепленные городки, засеки, обозы и гуляй-города, и наступать. Излюбленными тактическими приемами были одновременные удары по противнику с флангов и тыла и заманивание его под удар засады. Войско располагало легкой, весьма маневренной артиллерией, эффективно поддерживавшей конницу и пешие ополчения. Со второй половины XVII века вооруженные силы Запорожской Сечи возглавлял гетман, а во время походов войском управлял кошевой атаман. В январе 1648 года в Запорожской Сечи началось восстание против феодального гнета Речи Посполитой на Украине, которое явилось прологом освободительной войны украинского народа под руководством Б. Хмельницкого. С воссоединением Украины с Россией (1654 г.) статус Сечи был определен специальным документом, по которому было оформлено автономное положение Украины в составе Русского государства « подтверждались выборность гетмана, сословные привилегии казаков, определялся размер жалованья войсковой старшины. По Андрусовскому договору 1667 года Запорожская Сечь была объявлена под совместным управлением России и Польши. По новому договору 1686 года с Польшей Сечь осталась в составе России.
Во второй половине XVII века казачество продолжало играть роль заслона на южных границах и участвовало в борьбе народных масс за воссоединение Правобережной Украины с Россией, в войнах против агрессии Польши и Турции. Запорожское казачество активно участвовало и в антифеодальной борьбе народов России во время Крестьянской войны под предводительством С. Разина (1667-1671 гг.), Булавинского восстания (1707-1709 гг.) и др. Стремясь подавить вольнолюбивый дух запорожцев, центральная власть старалась ограничить права Сечи. В мае 1709 года Петр I издал указ о ее ликвидации.