В 1668 году в России был учрежден военно-морской флаг красно-бело-синего цвета. Он был поднят на первом в России военном судне «Орел», построенном на верфи в селе Дединове и вышедшем в первое плавание на следующий год. Под этим флагом корабли русского военного флота плавали до 1697 года. Прямой синий "Крест делил поле флага на четыре четверти: первую и четвертую - белые, вторую и третью - красные. Такого флага не было ни у одного государства, в его рисунке были использованы рисунки старинных русских знамен - стрелецких и солдатских и русские цвета - белый, синий и красный. (Комбинация этих цветов издавна была в московском гербе, в котором на красном поле изображался Георгий Победоносец в синем плаще на белом коне.)
В 1697 году Петр I ввел на флоте новый флаг, похожий на личный штандарт, трехцветный, но без изображения двуглавого орла (в отличие от своего штандарта) . Наконец, после учреждения Петром 1 в 1699 году ордена святого Андрея Первозванного, андреевский крест становится доминирующей эмблемой в рисунке русского военно-морского флага. Поэтому трехцветный флаг в три полосы меняет свой рисунок: полосы перекрываются синим андреевским крестом, показывая тем самым главенство андреевского креста над всеми другими геральдическими эмблемами, встречающимися на флагах.
В записках самого Петра встречается описание нового военно-морского флага: «Флаг белый, через который синий крест Святого Андрея, того ради, что от сего апостола приняла Россия святое крещение». В начале XVIII века вместо этого флага введены белый, синий и красный флаги, присвоенные соответственно трем эскадрам: кордебаталии (основные силы), авангарду и арьергарду. В верхнем углу флагов у древка имелось изображение андреевского креста на белом фоне. В 1712 году флаг кордебаталии был отменен и вместо него введен новый - белого цвета с голубым диагональным крестом через все полотнище. Впоследствии он стал общим для всех военных кораблей кормовым Андреевским флагом. Флаг арьергарда был отменен в 1865 году.